Producto 6. Informe con el análisis de la diversidad de microorganismos usando técnicas de metabarcoding. Microorganismos
Autor
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Fecha
2022Colecciones
- Convenios ANH [50]
Metadatos
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Resumen
Este trabajo hace parte del insumo de la línea base de la biodiversidad en el marco de los
Proyectos Pilotos de Investigación Integral – PPII sobre yacimientos no convencionales de
hidrocarburos – YNC en las áreas de los proyectos Kalé, Platero, y áreas circundantes. El
objetivo de este estudio fue caracterizar la diversidad de microorganismos presentes en
aguas subterráneas, aguas superficiales, sedimentos, y suelos en dos temporadas
climáticas. Para caracterizar la diversidad se utilizando metabarcoding a partir de regiones
del ADN ribosomal que permitieron la identificación de cuatro grupos biológicos: bacterias,
arqueas, hongos, y micro eucariotas. En ambas temporadas se analizaron un total de 125
unidades de muestreo en temporada de aguas altas y 126 unidades de muestreo en
temporada de aguas bajas. En aguas subterráneas se analizaron 9 unidades de muestreo en
aguas altas y 10 unidades de muestreo en aguas bajas; en aguas superficiales y sedimentos
40 unidades de muestreo en cada temporada, y en suelos 36 unidades de muestreo en cada
temporada. Para cada muestra se realizó, extracción y cuantificación del ADN, amplificación
de regiones genéticas, preparación de librerías y secuenciación masiva de alto rendimiento.
Durante todo el proceso, se incluyeron controles que fueron tratados como muestras
independientes. Se realizó una depuración bioinformática de las secuencias genéticas
obtenidas, generando ASV (variantes de las secuencias amplificadas) de acuerdo con el flujo
bioinformático de DADA2 en Qiime2. La asignación taxonómica se realizó con un clasificador
Naïve Bayes entrenado en la base de datos SILVA para bacterias y arqueas, PR2 v.4.14.0
para eucariota y en el caso de hongos, se descargaron las secuencias del GenBank
utilizando la siguiente búsqueda: txid4751[ORGN] AND (internal transcribed spacer 1 AND
5.8S ribosomal AND internal transcribed spacer 2). Los ASV obtenidos por muestra fueron
usados para estimar la diversidad alfa y beta de las unidades de muestreo. Para bacterias se
obtuvieron un total de 13.729.09 de lecturas para ambas temporadas, que fueron agrupadas
en 72.962 ASV. Para arqueas se alcanzaron 38.544.193 lecturas en ambas temporadas, las
cuales fueron asignadas en 125.994 ASV. En hongos se consiguieron 68.015.668 lecturas
para ambas témporas, que fueron agrupadas en 174.294 ASV. En eucariotas se obtuvieron
75.309.811 lecturas para ambas temporadas, asignadas a 157.978 ASV.
Palabras clave
MicroorganismosDiseño de muestreo
Toma de datos
Puerto Wilches (Santander, Colombia)
Editorial
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von HumboldtAgencia Nacional de Hidrocarburos – ANH
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