Protocolos de genómica para monitoreo ambiental asociado a acciones de respuesta por impacto o contingencia ambiental formalizados y listos para ser transferidos a usuarios interesados

Abstract

En este documento se describen los aspectos más relevantes para aplicar la técnica de metabarcoding en estudios de biodiversidad. En la primera sección se realiza un recuento de los aspectos relevantes en el diseño experimental propios a la técnica. En la segunda se plantea una propuesta de protocolo para la aplicación del metabarcoding, incluyendo la toma de muestra, el procesamiento molecular y el procesamiento o depuración bioinformática. El diseño de muestreo y los análisis ecológicos no son incluidos desde que estos son totalmente contexto-dependientes. En la tercera sección se describe un estudio de caso usando metabarcoding en la caracterización de microorganismos de una zona altamente contaminada por actividades relacionadas a la extracción convencional de hidrocarburos. En la cuarta parte se realiza una revisión del potencial uso del metabarcoding en el monitoreo ambiental a través insectos. Finalmente, en la quinta y última parte se exponen algunas de las perspectivas y limitaciones del uso de la técnica en Colombia. El objetivo de este documento es fomentar el uso de esta herramienta en escenarios colombianos, generando datos cuantitativos de diversidad que puedan ser incluidos en la toma de decisiones.